Di questi i miei dolci nemici d'allora dicevano essere le sole cose passabili mie e che io facevo bene soltanto il segretario.
(G. Carducci)
Il palazzo venne fabbricato nel 1545 e restaurato nel 1845. Sul portale è presente lo stemma di papa Gregorio XIII, Ugo Boncompagni, che qui nacque e visse fino alla sua elezione, nel 1572, al soglio pontificio.
Il progetto originario è forse dell'architetto senese Baldassarre Peruzzi, ma la costruzione e l'ornamento finale sono, per molti studiosi, di Jacopo Barozzi, detto il Vignola.
Vi fu trasferita la Regia Deputazione di Storia Patria per le Provincie delle Romagne, che inizialmente era all'Archiginnasio. Questa benemerita istituzione, fondata nel febbraio 1860 dal dittatore Farini, su proposta di Antonio Montanari, si impegnò nella rivalutazione della storia e delle tradizioni medievali delle provincie romagnole, in particolare dei luoghi danteschi.
Giosue Carducci fu nominato socio il 22 novembre 1863, fece il segretario dal 1865 al 1875 e fu eletto presidente nel 1887, dopo la morte di Giovanni Gozzadini. Il 18 dicembre 1864 tenne la sua prima lettura, dal titolo Di alcune poesie popolari bolognesi del secolo XIII inedite. L'ultima seduta alla quale partecipò fu quella del 13 marzo 1904.
Durante il periodo della sua presidenza fecero parte della Deputazione anche Alfonso Rubbiani e Raffaele Faccioli, protagonisti della tutela e del restauro di tanti monumenti bolognesi alla fine dell'800, e l'archeologo e storico dell'arte ravennate Corrado Ricci.
- Albo carducciano. Iconografia della vita e delle opere di Giosue Carducci, Bologna, Zanichelli, 1980, p. 96
- Giorgio Cencetti, Giosuè Carducci nella Deputazione di Storia Patria, in: Carducci e Bologna, a cura di Gina Fasoli, Mario Saccenti, Bologna, Cassa di risparmio in Bologna, 1985, pp. 169-176
- Valeria Rubbi, Palazzo Boncompagni: analisi critica e nuove ipotesi, in: "Saecularia Nona Annual. Università di Bologna 1088-1988", 12 (1995), pp. 150-153
- Marco Veglia, La vita vera. Carducci a Bologna, Bologna, Bononia University Press, 2007, p. 92