Uno studio scientifico rivela un notevole abbassamento del suolo urbano dall'inizio del secolo, accentuato in particolare dopo il 1950. Tra le Due Torri e Porta Zamboni il dislivello è di 70-80 centimetri, ma in alcune aree è superiore ai due metri.

Questo fenomeno, denominato subsidenza, ha in parte cause naturali, ma è soprattutto dovuto al forte sfruttamento della falda acquifera in corrispondenza dei conoidi del Reno e degli altri torrenti del bacino bolognese.

I danni maggiori riguardano la capacità di drenaggio delle acque sotterranee e la stabilità degli edifici storici. Forti lesioni sono riscontrate in edifici a sviluppo longitudinale, come la chiesa di San Giacomo.

Una nuova indagine effettuata con l'ausilio del satellite dai ricercatori dell’INGV (pubblicata nel 2007 sulla rivista “Remote Sensing of Environment”) confermerà un abbassamento medio intorno ai 2-3 cm all'anno (nei pressi delle Due Torri 1-1,5 cm all'anno).