Il rettore Vittorio Puntoni, il sindaco Alberto Dallolio e il presidente della Deputazione provinciale Giuseppe Bacchelli firmano una Convenzione tra Università e enti locali bolognesi per l’edificazione di nuovi edifici universitari, stante il notevole aumento della popolazione studentesca.

Essa è la traduzione operativa del metodo già proposto dal rettore Capellini: l'insediamento universitario non deve essere frammentario, ma fatto di "poche e stabili cose", anche se il Puntoni precisa che non è oggetto dell'accordo l'assetto definitivo dell'Ateneo.

La Convenzione diviene legge dello Stato il 26 marzo 1899. In commissione la proposta bolognese è stata radicalmente modificata, tra le proteste di Carducci, Codronchi, Saladini e Finali.

Fra il 1899 e il 1905 saranno costruiti gli edifici degli Istituti di Anatomia Umana e Patologica, quello di Fisica e quello di Mineralogia, a capo delle vie Irnerio e Zamboni. La realizzazione di questi nuovi palazzi comporterà la demolizione dei borghi preesistenti.