Tra il 1962 e il 1968 il Gruppo Speleologico Emiliano compie l'esplorazione sistematica di una grotta carsica già segnalata e parzialmente descritta da Luigi Fantini nel 1934.

Essa si apre sul fondo di una dolina situata a breve distanza dalla chiesa di Gaibola (conosciuta dal XII secolo, rifatta nel 1672), a 225 metri s.l.m. sui colli di Bologna e a una profondità di circa 25 metri. Ha uno sviluppo - prevalentemente orizzontale - di circa 1.000 metri, con pozzi di collegamento tra vari livelli.

In una delle stanze, chiamata "Sala degli Scheletri" sono rinvenuti resti umani, in un'altra un vaso risalente alla fine del neolitico. Le caratteristiche morfologiche dei reperti ossei di Gaibola sono simili a quelle degli antichi abitatori della grotta del Farneto, in Val di Zena.