In sei occasioni, tra il 10 febbraio e il 21 marzo 1945, alcune decine di partigiani, catturati nelle settimane precedenti a Bologna e dintorni, a Imola, Castelfranco Emilia e Bondeno (FE), vengono prelevati dalle carceri di San Giovanni in Monte.

Trasportati nei pressi della stazione di San Ruffillo, sono tutti fucilati dai militi della GNR comandati dal tenente Bruno Monti e dalle SS guidate dal sergente Hermann Prader.

Sono quindi gettati nelle profonde voragini create dalle bombe degli Alleati, usate come fosse comuni.

Gli eccidi rimarranno ignoti fino al maggio 1945, quando alcuni corpi cominceranno a riaffiorare dal terreno. Solo 73 delle 96 salme rinvenute saranno riconosciute dai familiari.

Gli eccidi di San Ruffillo, come quelli di Sabbiuno di Paderno, segnano una discontinuità con le pratiche repressive precedenti, basate sull'esibizione pubblica della violenza, volta a terrorizzare e scoraggiare i nemici. Il nuovo metodo prevede esecuzioni sommarie in segreto, conseguenti a rastrellamenti su vasta scala.

Fino all'aprile 1945 circa 220 partigiani saranno uccisi a Bologna in tredici esecuzioni di gruppo. Quasi tutte le vittime saranno prelevate dalle carceri di San Giovanni in Monte da un reparto di SS del comando della Sicherheitspolizei e del Sicherheitsdienst (Sipo-SD) di via Santa Chiara.

Di alcuni partigiani, sequestrati il 4, 9 e 17 aprile, non si saprà più nulla.

Un monumento in ricordo degli eccidi di San Ruffillo, eretto nel primo dopoguerra, porterà la seguente epigrafe, dettata dall'ex partigiano Ernesto Venzi:

In queste fosse
rosse di sangue innocente
risuona
dalla voce dei martiri
grande l'Italia
Nel sacrificio
e nella fede
riposano uniti
ammonendo i vinti
che negarono libertà
e amore