Il podestà Agnoli, su ispirazione del priore di San Domenico padre Acerbi, invia il 1° luglio al maresciallo Kesselring, comandante delle truppe tedesche in Italia, un memoriale in cui si evidenziano i valori storici e artistici e il carattere di “città ospedaliera” di Bologna.

Essa è definita "centro di vita pacifica e laboriosa, lontana da ogni opera di guerra". Secondo il podestà la sua distruzione non porterebbe "nessun vantaggio di nessun genere alle forze contrapposte agli effetti dello sviluppo e dell'esito della guerra; essa rappresenterebbe invece e soltanto una inutile strage, un'irreparabile offesa alla cultura, all'arte, all'umanità".

Il maresciallo Kesselring promette, nella sua risposta, di adoperarsi per risparmiare alla città il coinvolgimento nelle operazioni belliche. A questo proposito ordina lo sgombero degli insediamenti militari non necessari, vieta l'attraversamento e la sosta delle colonne militari nel centro storico, istituisce posti di blocco della Gendarmeria militare alle porte, a salvaguardia della cosiddetta Sperrzone.

Questa posizione, peraltro mai concordata ufficialmente con gli Alleati, non costituisce, nonostante gli auspici e gli sforzi del fascismo moderato e della chiesa locale, una vera e propria dichiarazione di "città aperta", cioè di città che, all'avvicinarsi del nemico, è consegnata a questo senza opporre resistenza (Solo Parigi e Bruxelles otterranno durante la seconda guerra mondiale il riconoscimento formale di "città aperta").

Fino all'ultimo la città rimane sotto la minaccia della difesa ad oltranza, voluta peraltro dallo stesso Mussolini. Di fatto, però, dall'autunno i bombardamenti aerei cesseranno di coinvolgere il centro.

All'interno dell'antica cerchia muraria si riverseranno, negli ultimi mesi di guerra, più di 500.000 persone, cittadini in precedenza sfollati, abitanti del contado bolognese e famiglie di profughi delle regioni del sud liberate.