Messi sotto controllo commissariale durante la guerra e destinati alla produzione bellica, gli stabilimenti Ducati, che arrivano ad occupare circa 7.000 operai nel 1943, ricevono l'ordine di trasferimento (Befehl) a Rosenheim in Germania.

E' minacciata la deportazione delle maestranze dallo stabilimento di Borgo Panigale (1.000 dipendenti residui) e dalle fabbriche decentrate di Bazzano (1.400 addetti per costruzioni radiotecniche) e Crespellano (1.500 addetti per impianti fluidotecnici) e la dispersione di attrezzature uniche al mondo.

La sezione micromeccanica e tecnica di Borgo Panigale (circa 600 lavoratori e 200 macchine) è collocata per ordine del comando tedesco a Crevalcore, dentro lo stabile dell'Istituto professionale “Marcello Malpighi” e nell'ammasso canapa. Vi si progettano “dispositivi per la produzione in serie di pezzi per macchine da guerra segrete”.

Il trasferimento di altre sezioni è in parte scongiurato da decentramenti parziali in località della provincia e in paesi del Nord Italia (Cavalese, Longare, Albizzate, Parona di Valpolicella, Saronno, Pianezza), mentre una parte delle macchine e delle materie prime sono trasportate in diversi nascondigli a Bologna.

Intanto la gamma dei prodotti Ducati si estende: dagli apparecchi trasmittenti agli strumenti ottici per la Marina, dalle spolette per bombe ai binocoli prismatici, dai telecomandi e alle pompe dei motori per aerei alle stazioni telegrafiche.

I fratelli Ducati in parte collaborano con gli occupanti tedeschi - Bruno rischierà per questo la fucilazione nel primo dopoguerra - in parte lavorano per assicurarsi nuovi progetti e prodotti per il tempo di pace.

Ad esempio, nella colonia comunale di Cavalese (TN) il gruppo ottico, che produce per i Tedeschi il binocolo “Bimar”, costruisce anche il piccolo proiettore “Gioia” per uso scolastico.

Nell'autunno 1944, alcuni dirigenti Ducati si recheranno a Firenze per assicurarsi la collaborazione dei migliori tecnici della Galileo e della San Giorgio. Qui sarà studiata una microcamera fotografica di alta classe, chiamata “Sogno”.

A Bologna sarà fondata la REOM, diretta dall'antifascista Frati, per la ricerca in campo radioelettrico. Verranno inoltre attivati una settantina di laboratori speciali segreti, chiamati Post.

Da qui usciranno i prodotti radio-elettro-ottico-meccanici che la Ducati sarà in grado di lanciare sul mercato già dalla Fiera di Milano del 1946, come il “Cucciolo”, piccolo motore a scoppio da 48 cc, studiato a Milano, in locali di fortuna, dagli ingegneri Rosi e Di Stefani.