In applicazione alle disposizioni della Carta di Verona della RSI, dove si enuncia che “gli appartenenti alla razza ebraica sono stranieri e appartengono a nazionalità nemica”, e in base all'ordinanza di polizia n. 5, emessa il 30 novembre dal Ministro degli Interni Buffarini Guidi, il Capo della provincia Montani ordina di rastrellare tutti gli ebrei e avviarli “in appositi campi di concentramento”, disponendo inoltre il sequestro dei loro beni mobili e immobili.

Un articolo del "Resto del Carlino", pubblicato il 2 dicembre con il titolo Fino in fondo, dichiara che i gli ebrei sono elementi pericolosi sia nel campo economico, che in quello politico, culturale e morale, sono colpevoli di tutte le crisi, le guerre e le sciagure del mondo, sono "istintivamante nemici" del paese che li ospita.

Disposizioni successive prevederanno la sistemazione provvisoria degli arrestati in caserme e scuole, in attesa dell'allestimento del campo di Fossoli, in provincia di Modena.

Alcune deroghe alle misure di internamento resteranno in vigore fino al febbraio 1944: dopo di allora gli ebrei saranno arrestati e deportati senza alcuna distinzione, compresi i vecchi, gli ammalati. I "misti" saranno ancora per qualche mese trattenuti a Fossoli e deportati in agosto, alla chiusura del campo.

La cattura degli ebrei, da parte della polizia italiana e nazista, verrà ostacolata dalle iniziative di protezione messe in atto da organizzazioni antifasciste, come quella guidata da Mario Jacchia, Armando Quadri e Gino Onofri.

Esse riusciranno in molti casi a dotare i ricercati di documenti di identità falsi, intestati a persone residenti nelle zone liberate. Intere famiglie troveranno rifugio in località isolate dell'Appennino, come Riola di Vergato o in alcuni paesi della Romagna, come Cotignola e Massa Lombarda, a volte sotto la protezione di amici "ariani".

Degli oltre 800 ebrei residenti in città, 114 troveranno la morte nei campi di sterminio tedeschi. Tra essi il Rabbino Leone Alberto Orvieto, per 44 anni alla guida della comunità israelitica bolognese, che sarà deportato assieme alla moglie Margherita Cantoni.

La maggior parte degli oltre 70 ebrei arrestati a Bologna saranno vittime dell'apparato repressivo fascista: solo quattro, infatti, saranno catturati direttamente dai tedeschi. Alcuni giovani ebrei parteciperanno attivamente alla Resistenza: tra essi Franco Cesana, il più giovane partigiano d'Italia.