Nell'estate del 1865 una nuova epidemia di colera viene importata in città da una colonia di forzati in transito da Ancona, dove il morbo imperversa, con oltre 2.000 morti. I primi casi si registrano nel carcere di San Ludovico in via del Pratello.

I sospetti vengono ricoverati e vigilati nel lazzaretto della Trinità a Porta Lame. Un altro grande lazzaretto è apprestato nel monastero delle Salesiane in via S. Isaia, mentre per allargare gli alloggi delle truppe è occupato il convento dei Cappuccini fuori porta Saragozza.

La Giunta comunale fa approvare una spesa di 700.000 lire per la sorveglianza igienica delle derrate alimentari, la spazzatura delle strade, l'installazione di alcune latrine pubbliche, la disinfezione di case malsane, la gestione dei rifiuti da parte di una ditta privata.

Delibera, infine, la copertura del torrente Aposa in città. Viene invece respinta una proposta del sindaco Carlo Pepoli per la costruzione di un bagno pubblico.

Il "rusco" (l'immondizia), che imputridisce per strada, fa temere una nuova "invasione del morbo asiatico". Alla stazione ferroviaria i passeggeri e i bagagli provenienti da Ancona sono sottoposti a "suffumigi disinfettanti".

Come ulteriori misure di prevenzione vengono chiusi molti vicoli, "deposito delle più luride sconcezze", e disinfettati gli orinatoi pubblici.

A causa del "fatale morbo" sono sospese le serate musicali della banda comunale, che si tengono il martedì e il venerdì al Pavaglione. Sono altresì sospese le processioni sacre, in città e nel forese. L'epidemia svuota i cantieri edili e rallenta i numerosi lavori in corso nella città.

Il prof. Filopanti fa pubblicare, a nome della Società Operaia, un manuale contenente alcune norme igieniche da seguire in questo frangente.

L'incidenza di 28 casi e 19 vittime a Bologna sarà piuttosto lieve se confrontata con il porto marchigiano, dove si registreranno 3798 casi e 2120 morti. Tra le vittime di questa epidemia c'è Raffaele Pistoresi, gestore della Libreria Rocchi.