Dopo la sconfitta di Magenta e l'ingresso dei Francesi a Milano, nelle primissime ore del 12 giugno il contingente austriaco lascia Bologna, dirigendosi verso Modena.

Ritirandosi in fretta, le truppe imperiali abbandonano per via "alcune suppellettili, delle pagnotte, ed alcuni oggetti di vestiario".

E' la fine di un “triste e lungo dominio” durato dieci anni, “particolarmente odioso, per oppressione, persecuzioni, sofferenze e patimenti di ogni specie, sino a condanne a morte, carcerazioni, battiture” (Maioli).

Nel corso della memorabile giornata, che segna la caduta definitiva del potere pontificio, i cittadini accorrono in piazza Maggiore sventolando vessilli e indossando coccarde tricolori.

Dalla porta principale del palazzo governativo è fatta scendere l'insegna pontificia, sostituita dalla bandiera italiana con la croce dei Savoia, gelosamente custodita nella sede dei pompieri dopo l'assedio del 1849.

Il conservatore anziano Enrico Sassoli (1818-1880), a capo del Municipio bolognese dopo le dimissioni del senatore Luigi Da Via nell'autunno precedente, forma una Giunta provvisoria di Governo composta da liberali moderati: il marchese Gioacchino Napoleone Pepoli, il conte Giovanni Malvezzi Medici, il marchese Luigi Tanari (1820-1904), il prof. Antonio Montanari e l'avv. Camillo Casarini (1830-1874).

L'ordine in città è affidato al capitano Pietro Inviti (1823-1907), volontario nel 1849 dei Cacciatori dell'Alto Reno e difensore di Ancona, mentre capo della polizia è nominato Ulisse Bandiera (1813-1887).

Come primo provvedimento, la Giunta invia un telegramma a Cavour, esprimendo la volontà di sottomettere la città alla dittatura del re Vittorio Emanuele II, poi apre l'arruolamento della guardia civica e della guardia nazionale e sopprime i giornali clericali.

Nel frattempo parte da Bologna anche l'ultimo Cardinale Legato, Giuseppe Milesi Pironi Ferretti (1817-1873).

Entro tre giorni aderiscono al Governo provvisorio bolognese i comuni di san Giovanni in Persicelo, Budrio, Castel d'Argile, Crevalcore, Medicina, Bagni della Porretta, Sant'Agata, oltre ad alcuni paesi della provincia di Ferrara e della Romagna, tra cui Imola.

Tra l'11 e il 22 giugno la maggior parte delle città della Romagna, delle Marche e dell'Umbria insorgerà senza spargimenti di sangue e con la resa delle truppe pontificie. Il Papa scomunicherà le città rivoltose, per "l'iniqua congiura" contro il potere temporale della chiesa.