La Fabbriceria di San Petronio intraprende importanti restauri all'interno della basilica. Vengono raschiate alcune delle grandi colonne della navata centrale e alcune pareti laterali, adiacenti alle cappelle.

Provoca grande sorpresa la scoperta di numerose pregevoli pitture di cui si ignorava l'esistenza, in particolare alcune immagini della Beata Vergine attribuite a Lippo di Dalmasio o alla sua scuola. Tra i dipinti scoperti, impressiona un gigantesco San Cristoforo del Lianori o dell'Avanzi.

Le colonne e i muri all'interno furono imbiancati nel XVI o XVII secolo, in occasione di un'epidemia di peste o forse per dare “un effetto più armonico” all'architettura della chiesa.