Il 2 settembre arriva in città il Commissario Luigi Carlo Farini (1812-1866), inviato dal governo di Roma. Il giorno successivo ritorna a Bologna il cardinale Amat, questa volta in qualità di Commissario Straordinario delle Quattro Legazioni, e viene scortato al Palazzo Pubblico dai popolani armati, mentre per le strade continuano le uccisioni e le vendette.

Farini chiede al governo romano la facoltà di mettere Bologna in stato d'assedio: secondo i suoi calcoli ammonta a circa 6.000 armati la forza irregolare che presidia Bologna e vi comanda “con audaci propositi e incredibile disordine”. Ma il Ministro delle Armi è convinto di poter restaurare l'ordine con altri mezzi.

Una reazione decisa all'anarchia dilagante comincia il 4 settembre, dopo il tentato assassinio di un carabiniere in Piazza Maggiore. Non colpito, questi insegue i suoi aggressori e ne arresta uno. E' il segnale atteso da coloro che vogliono la fine delle prepotenze e del disordine.

I dragoni affiancano i carabinieri nell'opera di repressione. Gioacchino Napoleone Pepoli, comandante provvisorio della Guardia Civica, “riunisce qualche compagnia” e forma grosse pattuglie con l'incarico di perlustrare la città nelle ore notturne e di liberarla “dagli eccessi delittuosi che la contaminano”.

Rientrano tra gli applausi i due reggimenti svizzeri del generale Latour, da tempo fermi a Forlì. Anch'essi hanno il compito di garantire l'ordine pubblico.

Si comincia a riorganizzare la polizia. La fine dell'anarchia lascia comunque uno strascico di miseria e non tutti i malfattori vengono disarmati. I furti e le aggressioni continueranno anche nelle settimane successive.

Amat e Farini, con l'assenso degli amministratori comunali, proporranno una serie di interventi per affrontare in modo più strutturale il problema della disoccupazione e della povertà della popolazione bolognese, attraverso la manutenzione di strade e la costruzione di tronchi ferroviari, chiedendo a supporto l'intervento finanziario dello stato.

Il primo ministro Pellegrino Rossi approverà il piano, ma negherà l'aiuto economico, sostenendo la necessità dell'impegno del capitale privato. Il 10 ottobre Farini lascerà Bologna e il 31 il Commissario Straordinario sarà esonerato.