Dopo la sconfitta dei Piemontesi e l'occupazione della Lombardia, gli Austriaci invadono l'Emilia.

Il tenente maresciallo Franz Ludwig Welden, al comando di un contingente di 7-8000 uomini, con reggimenti di cavalleria e artiglieria, pone il suo quartier generale a Bondeno, al di qua del Po. Nei giorni seguenti occupa Reggio e Modena e si spinge verso le Legazioni.

Ferrara è occupata il 2 agosto, con l'aiuto della guarnigione della Fortezza (XVI sec.) situata nei pressi della città. Viene disarmata la Guardia Civica e fatti prigionieri i duecento soldati svizzeri di presidio.

Il 3 agosto Welden pubblica un proclama, in cui afferma che l'Austria non è in guerra con lo Stato Pontificio, ma che l'esercito imperiale è intervenuto per sedare i tumulti e reprimere le bande “che si chiamano Crociate”.

Minaccia di bombardare chi volesse far resistenza e cita l'esempio di Sermide, la cittadina in provincia di Mantova assalita il 29 luglio e saccheggiata da 1.500 soldati Austriaci comandati dal generale Perglas.

Alle truppe di Welden sono aggregati gruppi di sanfedisti italiani, guidati dal famigerato Virginio Alpi di Faenza, spia e traditore, che a Sermide è stato protagonista di soprusi e violenze.

In marcia verso Bologna, il 4 agosto, nei pressi di Malalbergo, gli Austriaci catturano un'altra compagnia di Svizzeri e una trentina di dragoni pontifici: oltre a disarmarli, li insultano “in mille modi, spezzandogli per dispregio le armi” e li derubano.

Il senatore Zucchini invita il popolo "a far mostra di prudenza, di tranquillità e di dignitosa fermezza". Per il pro-legato "il martirio e il sagrifizio se non è guidato dalla ragione è suicidio, è follia".

Contro il desiderio dei bolognesi, Bianchetti dichiara impossibile la difesa della città e fa partire verso la Cattolica le truppe pontificie, con i loro armamenti e le salmerie.

Nella notte tra il 4 e il 5 agosto vengono requisiti numerosi cavalli per accellerare la marcia dei seimila uomini e degli oltre 20 cannoni costretti a lasciare in tutta fretta Bologna. Nel frattempo i nobili e i ricchi si rifugiano nelle loro ville di campagna.

A Bologna invece sale lo sdegno contro i “Tedeschi”: la popolazione eccitata chiede armi e anela vendetta. La difesa della città è affidata alla Guardia Civica e a circa duecento carabinieri a piedi e a cavallo.

La mattina del 5 agosto Bologna sembra "in preda a un morbo micidiale, che mietendo a dismisura la popolazione, rende tetre e deserte le contrade".