Alla indisciplina della “plebe” si aggiunge quella di tanti uomini armati provenienti da vari luoghi: entrano in questo periodo a Bologna legioni di Guardie Civiche romagnole e Corpi Franchi, che si ingrossano dei soldati reduci dalle battaglie al di là del Po.

La città, deserta dei cittadini, è percorsa da “tribù nomadi vario-vestite e vario-armate, e da una tribù semi-ignuda e scalza” di popolani.

Tra le formazioni che hanno preso stanza in città vi sono, oltre ai Volontari dell'Alto Reno e al Battaglione Universitario Romano, il Battaglione Frosinonese (o Campano), con ufficiali provenienti da famiglie agiate di quella provincia, ma difettoso di armi e indumenti.

Giunto a Bologna il 10 luglio, vi è rimasto di guarnigione, ingrossato con un piccolo contingente di Civici romani. Dopo l'ingresso degli Austriaci nelle Legazioni, ha seguito le altre truppe pontificie nella ritirata in Romagna ed è rientrato dopo l'8 agosto con le truppe comandate dal colonnello Belluzzi.

Il Battaglione dell'Alta Romagna e Umbria è un corpo di volontari di Forlì, entrati a Bologna il 17 giugno. Con l'arrivo di un reparto di civici di Todi, è salito a 300 effettivi e ha assunto il nome di Battaglione Civici riuniti Alta Romagna ed Umbria. Dopo l'8 agosto è rientrato a Bologna per rafforzare la difesa della città.

Il Battaglione Civico Mobile è uscito da Ferrara dopo l'invasione degli Austriaci, dirigendosi a Bologna con 400 effettivi. E' stato la retroguardia del contingente papalino partito per la Romagna il 5 agosto. Rientrato il 14 agosto a Bologna, per qualche giorno ha presidiato il ponte sul Reno a Casalecchio.

Il Battaglione Volontari dell'Alta Romagna è stato formato a Forlì dal tenente colonnello Alessandro Gariboldi, su incarico del colonnello Belluzzi. Ad esso si è unita una colonna civica di cesenati agli ordini del capitano Gian Battista Nori.

La Compagnia Marcellini è stata arruolata a Roma dal capitano Francesco Marcellini e si è unita al 2° Battaglione fucilieri di stanza a Bologna.

L'Artiglierìa civica bolognese è reduce dalla campagna del Veneto, mentre la Colonna Civica di Senigallia non ha ancora partecipato ad azioni militari.

Tutti questi corpi formano un complesso di circa 3.600 soldati e 200 ufficiali. Ad essi vanno aggiunti almeno 2.500 popolani armati, divisi in squadre, che presidiano le porte della città, la Montagnola, San Michele in Bosco e altri luoghi strategici.

Essi riconoscono come propri comandanti Angelo Masini, Agamennone Zappoli e Padre Alessandro Gavazzi.

Nel pomeriggio del 26 agosto cinquecento uomini armati dei Corpi Franchi, guidati dal colonnello Belluzzi e dallo Zambeccari, invadono il Palazzo Pubblico assieme a gruppi di popolani.

Con un comunicato i membri del Comitato di pubblica salute rassegnano il potere nelle mani del Legato, "non volendo essere cagione di divisioni e di disordine nel proprio paese".

Il colonnello Zuccari, comandante della 3a divisione papalina di stanza nelle Legazioni, venuto con l'ordine di scioglimento dei Corpi Franchi, è tratto in arresto e consegna a Masini la spada e le spalline.

Le posizioni contrastanti dei “rivoluzionari” e l'intervento deciso di Gioacchino Napoleone Pepoli, comandante della Guardia civica, fanno sì che l'azione non arrivi alle conseguenze estreme.

Poco dopo Padre Alessandro Gavazzi, "barnabita bolognese, cappellano crociato", chiamato alcuni giorni prima a Bologna dal Comitato, arringa il popolo in Piazza Maggiore, religiosamente ascoltato da tutti i presenti.