Il 21 dicembre 1835 il consiglio comunale delibera il trasferimento della biblioteca pubblica nel palazzo dell'Archiginnasio, antica sede dello Studio.

Decretata il 2 gennaio 1799 dall'amministrazione del Dipartimento del Reno, e divenuta "comunitativa" nel 1806, essa è stata finora ospitata nel convento di San Domenico, nella sede dell'antica libreria dei Padri.

Il barnabita padre Vogli è stato il primo bibliotecario, seguito da D. Landi, Canonico di San Petronio, che ha donato i suoi emolumenti per l'accrescimento della benefica istituzione.

All'inizio ha ricevuto i fondi non utilizzati dalla Biblioteca Nazionale e i volumi della libreria dei padri Barnabiti (Libreria Zambeccari).

Con la donazione della collezione dell'abate Magnani, appassionato bibliofilo, ha assunto le dimensioni di un importante istituto culturale e continuerà ad espandersi per tutto il periodo della restaurazione pontificia.

Molti auspicano che, con la presenza della nuova biblioteca, il "grandioso e storico edificio dell'Archiginnasio" non sarà più deturpato da usi impropri e i negozi del Pavaglione potranno prosperare, "liberati dal frastuono dei ragazzi" delle Scuole Pie.

Il trasloco dei libri nella nuova sede avviene nel corso del 1937: il 30 novembre il Comune può consegnare al Priore dei Domenicani i locali liberati nell'antico convento.

L'organizzazione iniziale del materiale librario in Archiginnasio è approssimativo. Secondo la testimonianza di Luigi Frati, direttore della biblioteca dal 1858 al 1902,

"i libri furono promiscuamente allogati, senza conformità di segnature, con solo riguardo alla diversità dei fondi, onde provenivano".

Anche il restauro dell'edificio appare insoddisfacente:

"le imprese gentilizie e le rispettive leggende che ornano le pareti di questo monumentale edifizio ... riuscirono scorrettamente restaurate, e solo in parte poterono in progresso di tempo essere emendate".