La Commissione Consultiva di Belle Arti di Roma, composta da alcuni dei massimi artisti dell'epoca, quali Camuccini, Valadier, Thorvaldsen, decreta, sulla base di un rapporto della Commissione ausiliare, che la Villa Aldini di Bologna debba reputarsi edificio "nobilissimo e di ornamento cospicuo per le adiacenze della città", per le sue qualità architettoniche, per il grande fregio di De Maria e per l'antica Rotonda in essa racchiusa, ricca di decorazioni e dipinti classici.

La decisione intende scongiurare il progetto di demolizione da parte del nuovo proprietario, Girolamo Bertocchi, che nel 1831 ha acquistato l'edificio ormai fatiscente dal banchiere Paolo Bignami per soli 3.600 scudi.

Egli lo offrirà nel 1834 al Comune al prezzo dei materiali, ma le trattative non andranno in porto. La minaccia di demolizione rimarrà, finché una Pia Unione di Devoti della Madonna del Monte, costituita per l'occasione, riuscirà ad acquistare la villa nel 1838 al prezzo di 6.000 scudi più 350 per i materiali esistenti.

Non sarà però realizzato il progetto di trasformarla in chiesa dedicata alla Madonna della Vittoria, per l'opposizione dell'autorità ecclesiastica, che, nonostante le previste "correzioni" al frontone di De Maria, riterrà l'edificio troppo pagano.

Acquistata dal Municipio nel 1842, la villa ritornerà alla sua integrità a opera di Antonio Serra. Dal 1848 al 1859 essa sarà occupata da un Comando austriaco e ospiterà un ospedale per militari affetti da oftalmia.