Dopo il ritorno del potere pontificio peggiora la situazione della comunità ebraica, emancipata nel periodo napoleonico. Gli israeliti non vengono cacciati, ma sono considerati “schiavi civili tollerati”.

Nel 1826 vengono rimessi i portoni nel ghetto e reso obbligatorio il pernottamento. Ai cristiani è proibito di accendere il fuoco nelle case degli ebrei il sabato.

Nel 1827 sarà riconfermata la validità dell'Editto sopra gli Ebrei di papa Pio VI (1775). Nel 1836 alcuni ebrei coinvolti nei moti carbonari saranno espulsi da papa Gregorio XVI. Nel 1837 sarà ripristinata la “licenza viaria”, per limitare la circolazione dei mercanti ebrei.

Nel 1840 la comunità israelitica bolognese conterà circa 90-100 persone, un numero molto esiguo, se confrontato con quella di Ferrara, che comprende circa 1.800 persone.