L'Assunteria del Cimitero invia un rapporto alla Magistratura comunale per il reperimento di un luogo “distinto”, all'interno del camposanto, in cui collocare coloro che sono stati dichiarati “Illustri e Benemeriti della Patria”.

Esso viene individuato in quella parte dell'ex convento di San Girolamo dov'era la cancelleria. Nel 1827 la sala del Pantheon è sistemata su progetto dell'architetto Giuseppe Tubertini (1759-1831), con il soffitto dipinto "a guisa di sfondato" da Filippo Pedrini (1763-1856), ultimo superstite degli Accademici Clementini.

Vi è raffigurata la Religione trionfante e Felsina che presenta le scienze e le arti liberali. Nel sotterraneo sono ospitati 40 tumuli con lapidi prive di decorazioni.

Alle pareti, sopra mensole, sono appoggiati i busti di marmo a grandezza naturale dei bolognesi emeriti, opera di artisti locali.

Un primo progetto di Pantheon era stato elaborato a partire dal 1811 da un'idea di Giuseppe Gambari, con la funzione di onorare con busti e cenotafi i personaggi illustri, ma anche di raccogliere “in buona simetria” lapidi e monumenti provenienti dalle chiese soppresse.

Il progetto architettonico affidato all'arch. Giuseppe Nadi - poi non attuato per motivi finanziari - prevedeva un edificio a cupola a impianto centrale, innestato con un breve raccordo a una galleria porticata.