Dopo la caduta del governo napoleonico e la restaurazione di quello papale, l'Accademia Nazionale diventa Pontificia Accademia di Belle Arti.

Come Presidente è confermato il conte Carlo Filippo Aldrovandi Marescotti (1763-1823), fondatore della Manifattura Aldrovandi e principale protettore delle arti a Bologna, mentre è allontanato il letterato piacentino Pietro Giordani (1774-1848), sostituito nella carica di segretario da Leandro Marconi (1763-1837).

L'epurazione colpisce anche l'architetto Giovanni Antonio Antolini (1753-1841), autore del grandioso progetto del Foro Bonaparte a Milano, che viene sostituito sulla cattedra di architettura da Ercole Gasperini (1771-1829).

Lo statuto, approvato in epoca repubblicana, è mantenuto inalterato in attesa di un nuovo ordinamento.