Il Viceré Eugenio Beauharnais ristruttura l'istruzione universitaria. Alle sedi di Bologna e Pavia se ne aggiungono altre. In tutti gli atenei sono stabilite le stesse modalità di accesso.

Prima di iscriversi all'Università, gli studenti devono frequentare le scuole elementari, il ginnasio e il liceo. Il vero sbarramento è tra elementari e il ginnasio. Il pagamento dei gradi universitari accentua il carattere censitario della riforma.

Sono soppresse cattedre di tipo umanistico (greco, eloquenza latina, ecc.) e potenziati i corsi preparatori alle professioni.

L'orientamento verticistico e accentratore del regno napoleonico grava anche sull'Università.