Gli arredi in legno intarsiato del coro della chiesa di San Michele in Bosco vengono venduti all'asta. Il 4 aprile 1807 il convento passa sotto l'autorità del Prefetto e viene destinato a Casa di Lavoro forzato e volontario.

Gli affreschi dei Carracci, nel chiostro ottagonale, non vengono staccati in tempo. Si interverrà, dopo incertezze e lungaggini burocratiche, solo nel 1810, quando la maggior parte di essi non sarà più trasportabile.