Il 20 settembre 1803 l'Accademia delle Belle Arti apre nell'ex noviziato di Sant'Ignazio in Borgo della Paglia, eretto nel 1627 dai Gesuiti e passato ai Signori delle Missioni dopo la soppressione della Compagnia nel 1773.

Nel convento trovano sede la scuola di nudo, la galleria delle statue, il gabinetto dei disegni e il deposito dei quadri delle corporazioni soppresse.

La nuova quadreria, "composta di una rara ed insigne raccolta di quadri antichi della scuola bolognese e di altre italiane", sarà allestita da Leandro Marconi. Costituirà il nucleo della futura Pinacoteca Nazionale.

Il terzo piano del noviziato è destinato, per un certo periodo, alle residenze dei professori. Sul retro dell'edificio è previsto un teatro anatomico, che non verrà realizzato. Nell'orto antistante è traslocato l'orto botanico, che era prima a Porta Santo Stefano.

La chiesa di Sant'Ignazio è convertita in sala per riunioni civili, in particolare alla distribuzione dei premi, tra i quali il Curlandese istituito nel 1785. Il 2 settembre 1802 è stato decretato l'abbattimento della cupola, che sarà completato nel 1809.

Alcuni quadri della chiesa dei Gesuiti vengono portati in quella dei Mendicanti, per sostituire quelli “levati dai Francesi”. Dal convento è rimossa anche la grande statua di Benedetto XIV in fondo al loggiato.

Il 12 gennaio 1804 Vincenzo Martinelli chiude gli atti della cessata Accademia Clementina e il 20 gennaio lo scultore Giacomo Rossi (1751-1817), in qualità di segretario, pronuncia il discorso d'apertura della nuova Accademia Nazionale di Belle Arti.

Promossa da Luigi Ferdinando Marsili con l'aiuto di papa Clemente VII, l'Accademia Clementina fu fondata nel 1709 sull'esempio di quella parigina. Nel 1714 venne trasferita a Palazzo Poggi, sede del nuovo Istituto delle Scienze, con l'idea di creare un unico istituto culturale a indirizzo moderno.

Dell'Accademia facevano parte quaranta pittori, scultori e architetti, posti sotto la protezione di Santa Caterina de Vigri, monaca bolognese dilettante di musica e arte.

Il principe dell'Accademia durava in carica un anno, ma il primo, Carlo Cignani, tenne la carica a vita. Il segretario Giampietro Zanotti fu anche colui che ne scrisse la storia.

La scuola era ospitata in quattro stanze del palazzo di via San Donato. Nel 1787 furono istituiti i premi promossi dal duca Pietro di Curlandia.

Nell'800 il corpo accademico sarà composto da dieci signori e venti professori. I primi si occuperanno esclusivamente di gestione amministrativa, ai secondi sarà affidato l'insegnamento.

Saranno istituite nove cattedre: architettura, pittura, scultura, prospettiva, decorazione, elementi di figura, elementi di architettura e ornato, incisione e anatomia.

Dedita "all'istruzione e all'incremento delle belle arti e al decoroso loro esercizio" l'Accademia accoglierà studenti di età superiore ai dodici anni, dotati di una prima istruzione, oltre che di un attestato del proprio parroco e di una malleveria "di proba e conosciuta persona".