Il Piano di Studio e di Disciplina per le Università Nazionali del 1803 istituisce la Facoltà Medica con dodici cattedre, suddividendo l'insegnamento nei corsi di Medicina e di Chirurgia, della durata di cinque anni.

Il 27 novembre l'Amministrazione degli Ospedali e l'Università degli Studi stipulano una convenzione, per la quale alcuni reparti, alcune sale da venti letti “adatte per gli studenti” e una parte del personale dell'Ospedale della Vita sono messi a disposizione della nuova Facoltà, mentre il governo copre le spese per i malati ricoverati. Nascono ufficialmente la Clinica Medica e la Clinica Chirurgica.

L'insegnamento clinico di chirurgia è affidato a Giuseppe Atti (1753-1826), già titolare del corso dell'Archiginnasio, quello di medicina a Giovanni Battista Comelli (1776-1867), poi direttore della Clinica Medica dal 1829 al 1860.

Atti insegnerà Chirurgia nell'Ateneo bolognese per 47 anni e sarà a lungo anche Rettore dell'Università con il titolo, da lui stesso coniato, di Reggente Magnifico.

Sarà famoso per la perizia nella cura degli aneurismi e nella trapanazione del cranio. Tra i suoi allievi avrà Gaetano Termanini (1770-1831), capostipite della Scuola ostetrico-ginecologica bolognese.

Nel 1808 le cliniche saranno trasferite all'Ospedale Azzolini, o della Maddalena, più vicino all'Università. Nel 1857 la Clinica Chirurgica sarà di nuovo riportata all'Ospedale Maggiore.