Dopo la soppressione delle Corporazioni delle Arti la gestione del canale Navile è affidata all'Assunteria del Canale di Reno (poi Consorzio della Chiusa di Casalecchio e del Canale di Reno).

Essa dovrà prendere atto di un cambiamento radicale nelle esigenze di utilizzo del prezioso canale in uscita dalla città, finora utilizzato per mettere in comunicazione il porto bolognese con l'Adriatico.

Un nuovo regolamento stabilirà l'utilizzo, a giorni alterni, del Navile per la navigazione e per l'agricoltura. Alla fine del XVIII secolo sono cresciute, da un lato, le richieste di acqua per l'irrigazione da parte di nuove aziende agricole, soprattutto le risaie, dall'altro lato è progressivamente decaduta la navigazione celere.

La crisi del trasporto è dovuta in particolare all'introduzione del "macadam", una tecnica di massicciatura delle strade, che le rende più comode e percorribili con le carrozze.

Al Canale Navile rimarranno solo i carichi pesanti: barconi trainati da cavalli, che trasportano fino a 100 quintali di merci a costi molto bassi: in particolare sabbia, ghiaia, mattoni o prodotti agricoli, quali riso e grano. Dopo l'Unità a far concorrenza al Navile si aggiungerà anche la ferrovia.