La situazione generale del Dipartimento è divenuta insostenibile: i comuni sono pieni di truppe senza nulla di che sfamarle, mancano generi alimentare per il popolo, gli impiegati pubblici sono da lungo tempo senza paghe.

Una folla di creditori nazionali “in procinto di darsi all'ultima disperazione” chiede di essere rimborsata e inoltre è in arrivo una divisione francese capace, se non avrà cibo, di “passi più forti, e più temuti”.

Ancora una volta l'amministrazione compie un atto di ribellione al governo centrale, sottraendo, con l'aiuto della Guardia Nazionale, la cassa delle imposte indirette. Il Commissario di governo si oppone e si dissocia dalla decisione delle autorità municipali.

Da Milano arrivano minacce di arresto per i funzionari bolognesi, che rispondono rivolgendosi direttamente a Napoleone: il Comitato di governo li lascia soli, con “la gravezza di mali, e la disperazione che ne risulta”.

Il dissidio è risolto con l'intervento dei generali francesi, i cui interessi in tempo di guerra risultano di gran lunga prevalenti rispetto a quelli degli zelanti amministratori centrali.