Dopo la soppressione di quasi tutti i conventi del Dipartimento, al Municipio si pone il problema di cosa fare dell'enorme patrimonio acquisito dalla Nazione. Si tratta di milioni di libri, manoscritti, documenti.

Già nel marzo 1798 è stata presentata la proposta di utilizzare i locali della biblioteca Zambeccari, annessa all'ex collegio dei Barnabiti in Santa Lucia.

Quella sede però si è rivelata insufficiente e l'enorme quantità di materiale ammassato nei depositi del Demanio è stato trasportato nella ex biblioteca di San Domenico, dove già sono collocati oltre 4.000 volumi a stampa.

Il 30 aprile 1801 è istituita la Biblioteca Dipartimentale, parzialmente ordinata e aperta al pubblico. E' complementare alla Biblioteca dell'Istituto Nazionale (poi Universitaria), che ha un'apertura limitata ed è situata “fuori del Centro della Comune”, quindi molto scomoda.

L'incarico di "primo bibliotecario" è assegnato al barnabita Marcantonio Vogli, professore di diritto naturale e delle genti e di filosofia morale, che organizzerà la biblioteca tenendo distinti i fondi in base alla provenienza.

Presto anche la sede di San Domenico si rivelerà inadeguata, soprattutto per la presenza della caserma, che non permetterà una sistemazione ottimale del patrimonio librario. La situazione migliorerà solo dopo il trasferimento, nel 1838, nell'antico palazzo dell'Archiginnasio.