La Commissione centrale di governo della Cisalpina sostituisce l'Amministrazione provvisoria bolognese, troppo compromessa col regime precedente, e nomina una nuova Amministrazione, estesa a tutto il Dipartimento del Reno e avente anche funzioni di polizia.

Il commissario governativo Cacciari ricorre a cittadini di provata fede repubblicana, come Giuseppe Gambari (1763-1829), professore di diritto civile e canonico all'Università e già membro della giunta criminale della Cispadana, massone appartenente alla loggia "Amici dell'onore".

Vi sono inoltre Vincenzo Patuzzi, già nell'amministrazione giacobina e divenuto in pochi anni uno dei maggiori possidenti, Vincenzo Zambeccari, già Rettore dell'Ateneo, Giovan Battista Guastavillani, già presidente del Direttorio Cispadano nel 1797.

In pratica ritorna al potere l'eterogeneo gruppo dirigente della prima Cisalpina. Il collante di questa compagine di governo è, più che la buona gestione della cosa pubblica, l'interesse economico, in particolare la colossale speculazione sui beni nazionali derivati dalla soppressione delle corporazioni religiose.