Per ordine del Direttorio sono soppressi i Capitoli di San Pietro, San Petronio e Santa Maria Maggiore, oltre a quelli di San Giovanni in Persiceto, di Cento e della Pieve.

I canonici non possono più portare alcun distintivo. Entro dieci giorni devono lasciare la loro sede. E' stabilito che ricevano una pensione di 600 lire l'anno. Dalla cattedra arcivescovile di San Pietro viene tolto il baldacchino.

Sono inoltre soppressi i conventi di San Michele in Bosco, San Francesco, San Giacomo, San Domenico e San Salvatore. I monaci possono portare via con sé i mobili della propria cella.

Il 17 giugno il grande monastero di San Salvatore, già sede della Giunta per le Contribuzioni e “luogo destinato al disfacimento e colamento degli Argenti”, diventa sede dell'Agenzia dei Beni Nazionali.

Nel tempo ospiterà anche un forno e servirà da caserma di fanteria. La grande chiesa costruita nel Seicento dal Magenta sarà affidata ad un parroco secolare.

Il 27 maggio 1824, giorno dell'Ascensione, i Padri di San Salvatore rivestiranno l'abito e torneranno ad abitare il loro vasto locale uniti ai Canonici regolari.

Dal convento di San Michele in Bosco, destinato dapprima a caserma e poi a carcere, vengono asportati un gran numero di mobili e suppellettili, tra cui 200 piatti, 244 piatti mezzani, pentole di ogni tipo, 40 credenze e altrettanti "canterani tutti o di noce o di pioppa" e ancora "una gran quantità di crocefissi" e quadri.

L'arredo in molte parti del convento è di grande qualità: vi sono tavoli, cassapanche, mobili vari, numerose opere d'arte, tra le quali tre grandi quadri di Giorgio Vasari. Nella stalla vi sono due carrozze e due carri.

Il tutto sarà portato via e rivenduto sulla piazza di Bologna a prezzi stracciati (Rambaldi), oppure prenderà la via della Francia come contribuzione di guerra. Un testimone che vedrà il convento dopo le spoliazioni scriverà che "la civilisation ne fai moins de ruines que la barbarie".

Nel convento di San Michele in Bosco erano concentrati dal 22 maggio 1797 anche i monaci Olivetani di San Bernardo, soppressi l'8 giugno.

I Domenicani abbandonano il loro grande convento il 16 giugno, dopo aver ottenuto alcuni giorni di tolleranza. Con un carrettone trasportano al luogo di raccolta in San Salvatore candelieri d'argento, "angeli ceroferari", vasi, lampade e il prezioso frontale della Madonna del Rosario.

Il 4 luglio sono consegnati altri oggetti di oreficeria, compresi gli ex voto donati dai fedeli per la cessazione della peste del 1630.

I beni immobili saranno messi all'asta, mentre il convento, affidato all'Amministrazione dei Beni Nazionali, sarà ridotto in parte a caserma, in parte a scuole pubbliche e biblioteca comunale, in parte infine ad abitazioni private.

La chiesa sarà assegnata al clero secolare e vi si trasferirà la parrocchia di S. Andrea degli Ansaldi, che sarà soppressa il 6 agosto 1798 (la chiesa di S. Andrea sarà trasformata in deposito di nitro e venduta nel 1808).

I Domenicani si disperderanno, tranne padre Luigi Becchetti, che rimarrà a vivere in una piccola sacrestia della chiesa e continuerà a custodire l'arca del santo fondatore.

Il convento di San Giacomo sarà adattato a caserma. Nel 1800 la libreria e il dormitorio saranno assegnati all'Accademia Filarmonica come scuola di musica "per la gioventù d'ambo i sessi".

In questi locali sarà ospitata la biblioteca di padre G.B. Martini e il 3 dicembre 1804 aprirà il Liceo musicale, diviso dall'Accademia.