Con la legge del 16 fiorile a. VI (5 maggio 1798) il Direttorio è autorizzato a sopprimere, concentrare e traslocare le corporazioni ecclesiastiche regolari e secolari, le confraternite, le mense vescovili e le abbazie, avocando alla nazione i loro beni.

Deve al contempo provvedere al mantenimento dei membri delle corporazioni soppresse. Da queste disposizioni sono esclusi i beni delle parrocchie e le istituzioni laicali.

Il 15 maggio viene emanata un'ordinanza che vieta ai religiosi l'alienazione degli “effetti di ragione dei rispettivi conventi e benefici”, considerata un furto e punita di conseguenza.

Nel corso del 1798 verranno chiusi alcuni dei principali conventi della città. Lo scioglimento delle corporazioni è dettato, oltre che da esigenze economico-finanziarie, anche dalla necessità di ridurre l'influenza della Chiesa nella società.

Il 13 pratile a. VI (1 giugno 1798) saranno avocati alla Nazione i beni delle congregazioni religiose maschili. Con la legge 24 pratile (12 giugno) saranno soppressi i conventi femminili.

Con la legge del 15 messidoro (3 luglio 1798) saranno definite le modalità di riconversione dei beni ecclesiastici. I conventi e i monasteri verranno considerati potenziali sedi di uffici e servizi pubblici: tribunali, scuole, caserme, prigioni e così via.