Un decreto del Direttorio della Repubblica Cisalpina del 24 vendemmiale (20 ottobre) dispone il trasporto nel soppresso convento agostiniano di San Giacomo di materiali provenienti dall'Accademia Filarmonica, dalla Cappella dei Cantori di San Petronio e dalla biblioteca personale di Padre Martini, che fino al 1816 sarà in parte conservata da padre Stanislao Mattei (1750-1825) nella sua casa di via Nosadella.

Sono tre raccolte molto importanti di spartiti musicali, peraltro già private dei pezzi più preziosi dai commissari francesi. La loro custodia verrà affidata a una Deputazione, comprendente padre Stanislao Mattei e altri Filarmonici.

Assieme a una cospicua quantità di libri, corali e strumenti musicali provenienti dai conventi delle corporazioni soppresse - e inoltre alla “magnifica collezione di ritratti dei più famosi Filarmonici” - il corpus dei manoscritti costituisce il nucleo della futura biblioteca del Liceo Filarmonico e quindi del Conservatorio musicale di Bologna.

Grande compositore e insegnante di musica, ma anche erudito enciclopedico e appassionato collezionista, padre Giovanni Battista Martini (1706-1784), che fu in contatto con i grandi musicisti e studiosi europei, ha lasciato un copioso epistolario e una “immensa collezione di libri stampati che gli costò oltre mille zecchini”.

Per speciale concessione del Papa, nel corso dei suoi studi poté copiare i manoscritti musicali più rari e preziosi della Biblioteca Vaticana, di quella Ambrosiana e di molte altre importanti biblioteche italiane.