Con la legge del 4 messidoro a. VI i beni delle Confraternite “di qualunque genere e denominazione” sono avocati allo Stato.

E' previsto che le rendite di quelle che si occupano di pubblica istruzione e assistenza siano amministrate da una Deputazione municipale, con l'obbligo di rendere conto al Ministero dell'Interno della Cisalpina.

All'arrivo di Napoleone erano attive a Bologna una sessantina di confraternite, oltre a “una notevole quantità di congregazioni e pie unioni che non avevano sede propria ed abito particolare”, come le compagnie del SS. Sacramento, presenti in molte parrocchie della città e del contado.

La maggior parte di esse erano nate nel XVI secolo dopo il Concilio di Trento. Molte erano divise in due categorie, la "larga" e la "stretta", quest'ultima dedita a un'intensa vita spirituale, la prima soprattutto alle opere di carità.

Il loro patrimonio dalla fondazione è aumentato notevolmente, grazie al continuo apporto di lasciti e a una amministrazione in genere "avveduta ed oculata" (Fanti).

Tra le principali istituzioni caritative vi sono gli ospedali della Vita e della Morte, i conservatori del Baraccano e di S. Bartolomeo di Reno, le opere pie dei Poveri Vergognosi e dei Mendicanti.

Ad attuare la legge del 4 messidoro è chiamato l'ex conte Carlo Caprara, uomo attivissimo, che procederà con grande decisione, completando tra luglio e agosto la confisca dei beni di gran parte delle confraternite cittadine.

Benché i confratelli siano autorizzati ad "occuparsi delle loro cerimonie nel recinto delle chiese parrocchiali più vicine", sia quindi salvaguardato dalla legge il diritto di culto, è chiaro  che la soppressione degli oratori e la confisca dei beni mobili e immobili toglie alle confraternite "ogni rilevanza sociale e ogni funzione" se non quelle legate alle pratiche religiose.