L'Assunteria di Magistrati invia al Senato bolognese un' “istanza perchè siano preparate le sale pel corpo legislativo” della neonata Repubblica Cispadana e gli alloggi dei suoi membri più importanti.

Viene determitata la destinazione dell'ex Palazzo Apostolico (o Palazzo Pubblico) a sede del Direttorio esecutivo, mentre il palazzo delle Scuole (l'Archiginnasio) dovrà ospitare le due assemblee legislative.

L'ingegnere e architetto ticinese Giovanni Battista Martinetti (1764-1830), figura di punta dell'urbanistica bolognese per tutto il periodo napoleonico, è incaricato di sovrintendere l'intero progetto e Antonio Aldini ha il compito di reperire le fabbriche conventuali per gli appartamenti dei deputati.

Per il Corpo Legislativo lo stesso Napoleone prevede una sede “grande e magnifica”, ben riconoscibile e tale da incutere “alto rispetto” e “la più distinta considerazione” nel popolo.

Mentre il Palazzo Pubblico è da tutti considerato degno di diventare Palazzo Nazionale, molti dubbi sorgono sul trasloco dell'Università dall'Archiginnasio e in breve il progetto verrà abbandonato.

La scelta, dopo un accurato sopralluogo di Martinetti, cadrà sul collegio Pontificio di Montalto per il Consiglio Maggiore, o dei Sessanta, e sull'ex convento dei Celestini per il Consiglio Minore, o dei Trenta, mentre per gli alloggi dei deputati si penserà alla ristrutturazione parziale, a cura dell'architetto Angelo Venturoli, dei conventi di San Procolo, San Bernardo, San Domenico e San Paolo.

Tra il Palazzo Pubblico e l'ex Collegio Montalto si va delineando un “asse repubblicano” lungo la via San Mamolo, che forse non casualmente coincide “con il cardo maximo della Bononia repubblicana” (Ceccarelli).

Il piano di interventi è già in fase operativa a metà marzo e prosegue celermente a partire dal Palazzo pubblico. I lavori saranno però generalmente rallentati e poi interrotti dagli eventi politici successivi.

Nell'ottobre 1799, durante la Reggenza austriaca, il comandante di piazza Lezzeni farà cancellare ogni traccia e atterrare ogni “simulacro” del regime repubblicano dai palazzi dei consigli cispadani.

La dignità di capitale cispadana, anche se di breve durata, costerà cara a Bologna, costretta ad anticipare le spese degli organi centrali della Repubblica (Marcelli). Spese che, nel caso delle opere architettoniche, non daranno alcun vantaggio.

Benché incompleti e in gran parte abbandonati, i lavori per Bologna “centrale” saranno un “formidabile trampolino di lancio” (Ceccarelli) per Martinetti, riconosciuto come benemerito della patria e assunto come “architetto del pubblico”.