Per far fronte alla drammatica situazione delle casse pubbliche, praticamente vuote, si decide il sequestro dei beni ecclesiastici.

L'Assunteria di Magistrati affronta la questione nella seduta del 24 ottobre, ottenendo da Napoleone un editto, pubblicato il 27 dicembre, che sopprime tutti i conventi con meno di 15 religiosi e stabilisce che nel territorio bolognese non possa esserci più di un convento per ogni ordine.

I religiosi forestieri hanno tre giorni di tempo per lasciare la città e, al fine di sorvegliare l'applicazione di questo provvedimento, viene eletta un'apposita giunta.

All'interno delle mura cittadine ci sono circa 70 conventi, che, con le loro proprietà, coprono circa un sesto del suolo urbano (85 ettari su 540). Si tratta di un patrimonio ricchissimo, che frutta un reddito modesto.

I beni dei monasteri saranno in generale trasferiti allo Stato e venduti. La possibilità di acquistare beni nazionalizzati con le cedole del debito pubblico, emesse in cambio delle requisizioni, farà sì che molti di essi saranno venduti a prezzi inferiori al loro valore, avvantaggiando gli speculatori.

Fino al 1799 gli acquirenti dei beni nazionali saranno circa settecento: tra essi figureranno nobili, borghesi e anche sacerdoti. Tra i principali compratori vi saranno i tre fratelli Aldini - Antonio, Giovanni e Luigi Camillo -  l'avvocato Luigi Piana, il banchiere Pietro de Lucca e l'avvocato Giuseppe Cacciari.

Le vendite all'asta dei beni ecclesiastici causeranno “un vero terremoto” (Camurri) nella proprietà edilizia e nell'assetto urbanistico della città.

Dopo la prima fase militare, in cui saranno usati soprattutto come caserme per le truppe in transito - i complessi più grandi e centrali di San Domenico, San Francesco, San Procolo, San Martino, San Giacomo - gli ex conventi saranno recuperati ad usi civili e burocratici: per le municipalità, i magazzini di ammasso, le carceri, i tribunali.

Verranno spesso effettuati interventi di frazionamento e ricomposizione degli spazi interni, come a San Giovanni Battista dei Celestini, San Giovanni in Monte, San Michele in Bosco.

Una parte di chiese e conventi saranno in tutto o in parte distrutti e rientreranno nell'attività speculativa dei ceti emergenti, soprattutto dopo la legge del 15 Messidoro anno VI (3 luglio 1798), che ne amplierà i possibili utilizzi, anche se le vendite verranno in parte bloccate per eccesso di ribasso e quindi riguarderanno solo gli edifici di minore importanza e in numero limitato (Scannavini).

Nel 1815, al termine del periodo napoleonico, 49 degli 80 conventi della città e del suburbio risulteranno alienati ai privati e gli altri verranno largamente utilizzati per uffici e servizi pubblici.

Nei conventi venduti ai privati saranno ricavati spazi commerciali e residenze signorili. Alcuni saranno frazionati in modesti appartamenti da affittare, oppure demoliti in tutto o in parte per lucrare sulla vendita dei materiali da costruzione.