Già il 20 giugno, nel discorso al Senato, Napoleone chiede sia data assistenza ai commissari che devono recarsi nelle chiese e nei conventi per scegliere opere d'arte da requisire. Il sequestro inizia il 23 giugno.

I commissari sono accompagnati da vari personaggi bolognesi, "guide spontanee allo straniero", che saranno definiti "bastardi italiani", disponibili "a spogliare la patria del loro miglior vanto: quello delle arti" (Muzzi).

Le pitture di pregio vengono "rapite" e portate a Milano o a Parigi. Bologna è privata di ogni ricchezza d'arte: appare molto grave, in particolare, la sottrazione di 32 capolavori scelti nelle chiese soppresse dai commissari Ghinete e Barthelemy e inviati a Parigi come "doloroso trofeo di guerra".

Sono opere di Raffaello, Perugino, Garofalo, e dei protagonisti della scuola locale di pittura: i Carracci, Reni, Domenichino, Albani, Guercino e molti altri.

Il 7 luglio i commissari francesi compiono pesanti requisizioni presso le grandi biblioteche conventuali di San Salvatore – dove sono i rari codici raccolti dal "dottissimo" Padre Trombelli - e di San Domenico, mentre buona parte degli oggetti di alto artigianato e oreficeria delle chiese viene confiscata, compresa l'argenteria del Legato Vincenzi.

Anche l'Istituto delle Scienze non è risparmiato dalle requisizioni: qui il 5 luglio sono prelevati strumenti scientifici e "diversi pezzi di storia naturale, d'antichità, manoscritti, libri", compresi i manoscritti di Ulisse Aldrovandi e il suo Erbario in 16 volumi.

Questa operazione desta particolare rammarico, perché viene colpita una istituzione civica che i bolognesi considerano un vanto della città.

Sempre il 7 luglio i commissari si spostano a Cento, dove prelevano nove quadri di Guercino dalle chiese della cittadina.

Dopo un lungo e travagliato viaggio, le opere trafugate a Bologna arriveranno a Parigi l'8 novembre 1796: solo però i codici, gli oggetti e i quadri più piccoli e meno preziosi.

Le opere più famose saranno trasportate via mare da Genova al porto francese di Tolone e arriveranno al Louvre solo il 31 luglio 1797.